A pécsi Kálváriáról az első feljegyzések 1272-ből származnak, bár a helyet ekkor Bertalan-hegy néven tartották számon. A 13. században itt állt a Corpus Christi-kápolna, amelynek a helyére épültek a 18. században a jezsuiták Krisztus szenvedését ábrázoló stációi. A dombot 1701-ben fallal vették körül és megépítették a barokk kaput, amely a mai lépcsősor tetején áll. A jezsuita rend széthullása után a Kálvária a városi plébánia gondozásába került.

A kápolna 1814-ben épült fel, ez az egyik legkorábban épült klasszicista stílusú hazai körtemplom. A Kálvária-kápolnát, amelynek belső terét a Szent Kereszt-oltár díszíti, egy pécsi takács, Ábel József építtette. Ábel József sírja ma a két stációsor közt található.

Az 1800-as években többször is újjáépítették a Kálváriát, a korábbi tíz stáció ekkor tizenkettőre bővült, és kialakították a Szentsír-barlangot a halott Krisztus szobrával. A 19. század vége felé az újabb felújítás során még kettővel gyarapodott a stációk száma, és az addigi homokkő domborművek helyére öntöttvas domborművek kerültek.

A második világháború után a Kálváriát megrongálták, csak 1990-ben hozták létre a Pécsi Kálvária Alapítványt, amely a hely megmentésén kezdett el dolgozni. A pécsi Kálvária sajátossága, hogy a stációk sorrendje eltér a megszokottól: nem alulról felfelé, átlósan követik egymást a stációk, hanem a domb nyugat felőli részétől haladnak felfelé a kápolnáig, majd onnan keleti oldalon lefelé.

A Kálvária-domb déli határán, az északi elkerülő úttal párhuzamosan húzódik Pécs városának különleges látnivalója, a belvárost övező városfal több mint egy kilométeres ép szakasza.