Magyarországon 1836 óta van vasút, akkor kapott működési engedélyt az „Első Magyar Vasút”, Pozsony és Nagyszombat között működött, még lóvontatással.

Pécsen 1857 májusában közlekedett először vonat, akkor nyílt a Mohács–Üszög közötti vasútvonal, ezen eleinte csak szenet, aztán egy-két év múlva már embereket is szállítottak. Így Pécs első indóháza az üszögi lett, ahová lovas kocsival vagy lóvontatású omnibusszal lehetett a városból eljutni. Innen indultak az utasok a mohácsi kikötőbe, hogy aztán hajóval folytassák útjukat Pestre vagy Eszékre.

A mai pécsi főpályaudvar épülete egy korábbi indóház helyén épült fel 1898-ban Pfaff Ferenc tervei alapján. Az épület fennállásának több mint száz éve alatt jelentősen leromlott, ezért a 2010-es években megújították. 2015-ben fejeződött be a pályaudvar fogadóépületének felújítása. Az épületet teljesen modernizálták, új elektromos hálózat, fűtési, víz- és csatornarendszer épült ki, sor került az akadálymentesítésre is, valamint restaurálták a teljes homlokzatot a műemlékvédelmi követelményeknek megfelelően. Az elavult cserépfedés teljes cseréjére szükség volt. A tetőkről eltűnt csúcsdíszeket és a főbejárat fölötti kovácsoltvas szerkezetű előtetőket pótolni kellett. A perontető egy részének oszlopai az idők során teljesen tönkrementek, így megtörtént azok cseréje is. Az épület teljes klinkertégla burkolatát megtisztították, a meglazult részeket javították, illetve pótolták. A kődíszek, párkányok, a lábazat valamint a kő- és kerámiaornamentikák több helyen erodáltak, pótlásuk azonos anyaggal és színárnyalattal történt meg. A tégla, természetes kő, műkő, homlokzati és lépcsőelemek felújítása, pótlása szintén szükséges volt. Felújították a peron és a főtér felőli járófelületeket, megújultak a belső terek is.

A pécsi főpályaudvar abban is különbözik a 19. század végén épült hazai fogadóépületektől, hogy az akkoriban kedvelt épület-toldások helyett Pécs esetében a MÁV egészen új épületet épített, szemben az ugyancsak jelentős Győr, Szeged, Debrecen, Kassa és Nyíregyháza városokkal, ahol a régi épületeket toldották meg. A kiemelt gondoskodásról tanúskodik a pécsi épület homlokzatának finom részletekben oly gazdag kidolgozása is – magában foglalva a Zsolnay pirogránit díszítőelemeket –, amely Pfaff Ferenc életművében is szinte egyedülálló.