A jezsuiták a török hódoltság idején, 1613-ban kezdtek tevékenykedni a városban. A törökök kiűzése után, 1687-ben azonnal megnyitották iskolájukat, és felépítették ma is álló kollégiumukat. A jezsuita rendet azonban XIV. Kelemen pápa 1773-ban az erős politikai nyomás hatására feloszlatta. A már akkor jó hírű iskola világi papok és világiak oktatásával működött tovább. A jozefinizmus kora után egyre inkább felmerült az igény, hogy a gimnáziumot ismét egy szerzetesrend vegye át. Miután a bencések ezt nem tudták vállalni, I. Ferenc király 1813. február 9-én kelt rendeletével a zirci ciszterci apátnak, Dréta Antalnak adta át az iskolát. 1814 őszén két ciszterci szerzetes kezdte meg a tanítást egyelőre még világiak segítségével. A következő tanévben a 400 diákot már teljes egészében ciszterci tantestület tanította.

1849-ben a győztes császári hadak kiparancsolták az iskolát az épületből, amelyet először garnizonnak, majd katonai kórháznak használtak. Ez alatt a volt pálos rendházban (a mai Széchenyi István Gimnáziumban) folyt a tanítás. Csak tizennyolc év után, 1866-ban jöhettek vissza tulajdonukba az atyák, kik az épületet felújították és a déli szárnnyal bővítették. Ekkor kezdődött a gimnázium igazi felívelése.

A trianoni sokk és az 1921-ig tartó szerb megszállás után a fenntartó úgy döntött, hogy iskoláit egy-egy jeles magyar történelmi személyről nevezi el. Így az iskola még ebben az évben felvette a Pécsett 1367-ben egyetemet alapító Nagy Lajos király nevét.

Az 1935-ös év újabb nagyszabású fejlesztést hozott az intézmény számára, hiszen ekkor készült el az északi szárny, amely számos új tantermet és az akkori igényeknek mindenben megfelelő szaktantermeket, előadókat, laborokat, dísztermet és szertárakat jelentett. Ekkor állították fel a főbejárat előtti csarnokban a névadó király életnagyságú szobrát.

1948-ban államosították az egyházi iskolákat, köztük a pécsi Nagy Lajos Gimnáziumot is, de ekkor még az atyák a Hunyadi úti épületben taníthatták az erre vállalkozó diákokat. Ám két évre rá, 1950. június 7-én éjszaka, az ÁVH elhurcolta az összes Pécsett tartózkodó ciszterci atyát, összesen 18 főt. Az államosításkor a gimnáziumot a Széchenyi Gimnáziummal egyesítették, mert csak így tudták tanárral ellátni az iskolát. Az 1959-es évtől Dobay József került az intézmény élére, akinek a ténykedését számos fontos, előremutató újítás jelzi. Az országban elsőként, az 1963/64-es tanévben indultak meg az iskolában a tagozatos osztályok (angol és kémia–fizika), valamint a koedukáció. Az iskola tanulói létszáma 1965-ben megközelítette az ezer főt, majd a következő években 800 főnél stabilizálódott.

A rendszerváltozás után a Ciszterci Rend Zirci Apátsága visszakapta működési engedélyét. Dr. Kerekes Károly zirci apát 1990. szeptember 1-jével Pécsre helyezte dr. Arató Miklós Orbán cisztercit azzal a megbízással, hogy kezdje meg a fakultatív hitoktatást, és szervezze meg az iskola visszaszerzését a rend számára. A kollégium épületében lakást és hittantermet bocsátottak rendelkezésére, s az 1990/91-es tanévben 140 jelentkezővel elindult a hitoktatás. Az átmenetet egy új igazgató, Póla József neve fémjelezte.

Időközben megszületett az 1991. évi XXXII. törvény, mely elrendelte a volt egyházi tulajdonok funkcióvállalással való visszaszolgáltatását. Ez azonban sokkal nehezebben ment, mint annak idején a tollvonással elrendelt államosítás. Elkezdődtek tehát az egyre keményebb tárgyalások a pécsi önkormányzattal az iskola visszavételére. A tárgyalások végül sikerre vezettek, a pécsi közgyűlés két szavazattöbbséggel úgy döntött, hogy az 1993/94-es tanévtől a gimnázium fenntartója a Zirci Ciszterci Apátság lesz. 1996-ban érettségiztek az utolsó állami osztályok. Az 1990 előtt tanító pedagógusok közül 2000-ig többen önként távoztak vagy nyugdíjba mentek.

Az átmenet után, 1997-től egészen 2012-ig Páva Péter volt az intézmény új igazgatója. Dr. Zakar Ferenc Polikárp zirci apát 1998-ban összevonta a gimnáziumot és a Hunyadi Mátyás Kollégiumot. Ugyanettől az évtől indult el kísérleti jelleggel a hatosztályos képzés is. A 2000-es évek elején épült meg az iskola udvarán a sportcsarnok és a sportudvar, a kollégium pedig a tetőtér beépítésével bővült. Az épület bővítése, karbantartása, technikai fejlesztése azóta is tart.

(Forrás: https://www.crnlg.hu/)