Annak ellenére, hogy a Pécsi Tudományegyetem címerében szerepel az 1367-es évszám, valójában nem az I. Lajos király által Pécsett alapított középkori egyetemnek, hanem az 1912-ben alapított pozsonyi Magyar Királyi Erzsébet Tudományegyetemnek a hivatalos jogutódja, amely új helyén 1923. október 15-én kezdte meg működését.

A jelenlegi Bölcsészettudományi és Természettudományi Kar épülete eredetileg jezsuita kollégiumnak épült. Az intézmény megvalósítása Zichy Gyula püspök (1905–1926) nevéhez fűződik, aki 1908-ban először csak egy internátus létrehozására gondolt, és azt tervezte, hogy annak vezetésére visszahívja a jezsuitákat a városba. Az épületben a magyar nyelvű oktatás 1923-ban kezdődhetett meg, amikor a pozsonyi Erzsébet Tudományegyetem Pécsre került, ám 1940-ben a bölcsészeti kart Szegedre és részben Kolozsvárra telepítették. A bölcsészképzés akkor indult újra, amikor 1982-ben az 1948-ban alapított Pécsi Pedagógiai Főiskola jogutódja, a Tanárképző Kar csatlakozott az Állam- és Jogtudományi, illetve a Közgazdaságtudományi Karhoz, az egyesített intézmény pedig felvette a Janus Pannonius Tudományegyetem nevet. 1992-ben a Tanárképző Kar két részre bomlott, és megalakult az önálló Bölcsészettudományi Kar és a Természettudományi Kar.

Az oktatókórházak között említi az egyetem a Pécsi Regionális Vérellátó Központot, amely 2015 márciusa óta működik új épületben a 400 ágyas Klinika közelében, a Pacsirta utcában. A létesítmény teljes mértékben megfelel a 21. század építészeti követelményeinek: a megújuló energiák lehető legnagyobb mértékű felhasználása, valamint akadálymentesített épület létrehozása volt a két fő irányvonal, melyek megvalósítására törekedtek a tervezése során. A megújuló energiák által az épület „0” energiafelhasználással működtethető: ez a parkoló alá telepített geotermikus kutak, az épület tetején elhelyezett napelemek, illetve a központi légkezelési rendszer segítségével valósul meg.

2012 júniusában ünnepélyes keretek között került sor a Pécsi Tudományegyetem Szentágothai János Kutatóközpontjának (Science Building) átadására. A zöldmezős fejlesztés keretében épült 7400 m² bruttó szintterületű új kutatóközpontot a pécsi Bachman & Bachmann Építésziroda Kft. csapata tervezte. Az épületegyüttes koncepciója a Mecsek lábánál elterülő erős déli lejtőről legördülő kövek illúzióját keltő tömegformálás volt. A kutatóközpont három, szinte teljesen egyforma kockaépületből áll, és egy különleges közösségi térrel is rendelkezik; a 300 főt befogadó, kavics formájú előadóterem szinte becsapódik a szigorú kockatömegek közé. A kavics formájú tér Zsolnay-kerámia jellegű és csillogású burkolatot kapott. A három egyforma épületrészt három különféle energiahordozó táplálja, megvalósítva, egyúttal mérhetővé és ellenőrizhetővé téve az ökoház szisztémát, melyet az EU-s pályázat feltételül szabott a tervezőknek.

2016-ban adták át az Édesanyák útján az Onkoterápiás Intézet új épületét. Az intézetében napi szinten közel háromszáz ambuláns beteget látnak el, mintegy 150 sugár- és félszáz infúziós kezelést végeznek, és összesen 55 fekvőbeteget tudnak egyszerre ellátni, valamint éves szinten több ezer daganatos beteget kezelnek itt Baranya és Tolna megyéből.

A pécsi 400 ágyas klinika terveit Gádoros Lajos készítette 1959 és 1961 között, átadására 1966-ban került sor. A tervek a kor legkorszerűbbnek tartott kórháztervezési elvei alapján készültek. A hatalmas, közel 33 000 m² bruttó alapterületű épület a háború utáni magyar építészet, és azon belül a kórházépítészet jelentős alkotása volt, mely időtálló, a mai napig érvényes építészeti értékeket mutat fel. 1999-ben adták át az épülethez közvetlenül csatlakozó Szívgyógyászati Klinikát.

A Szülészeti és Nőgyógyászati Klinika elődjének, a pécsi Magyar Királyi Állami Bábaképző építésének előmunkálatai 1906-ban indultak meg a Mecsek oldalában lévő, úgynevezett Littke-féle szőlő helyén. A bábaképzés internátusi rendszerben zajlott, ezt szolgálta a bábák hálóterme. Az oktatás önálló bábaiskolában zajlott: az első emeleten egy emelkedő padsorú tantermet alakítottak ki 58 hallgató részére, előtte tanulóhelységgel. Az épületben volt még az intézet igazgatójának lakása, egy múzeumi szoba, egy asszisztensi lakás, cselédszoba, valamint a gyakornok és a főbába lakása is. Az építkezés 1910-re fejeződött be. 1988-ban kezdődött el az új klinikai szárny építése, mely elsősorban a betegellátás „hotel funkcióit" hivatott betölteni.

A Gyermekgyógyászati Klinika Nyár utcai telephelyének nevezett, Zsolnay-kerámiával gazdagon díszített épület eredetileg állami gyermekmenhelynek épült. A 234 000 korona összköltségű pécsi épület kivitelezésére kiírt árlejtést (sic!) 1903. április 21-én tartották meg. Az építkezés művezetője Ybl Lajos, Ybl Miklós unokaöccse volt.