A szabadkai zsinagóga tervét Komor Marcell és Jakab Dezső eredetileg Szegedre készítette, a szegediek azonban túl különlegesnek találták. Így jutott hozzá a kevesebb pénzzel és több fantáziával rendelkező szabadkai hitközség közel féláron. A négyszögletes alaprajzú épület 776 négyzetméteres alapterületű, Közép-Európában csak a budapesti Dohány utcai zsinagóga nagyobb: 967 négyzetméter. A belső térben 850 ülőhely van a férfiak, a karzaton pedig 550 a nők számára.

A zsinagóga földszinti része okkerbarna színekből indul ki, ami Júdea földjét szimbolizálja, azután felfelé haladva áthajlik a rózsaszínbe, majd a magasban világoskékbe árnyalódik, míg a kupola magasságában már a mélykék dominál. Közben stilizált virág- és növényelemeket látunk. Így kötődik össze a földi élet a mennybolttal. Jakab és Komor az orgona felett mélykék alapon csillagos égboltot tervezett, ami Ábrahám szövetségét lett volna hivatott jelenteni, ám helyette a végén keleti szőnyeget festettek. A kupola monumentális szépségét, formagazdagságát a napkorong zárja. Ebbe az egységbe olvadtak bele a sötétzöld színű padok. Az üvegablakok Róth Miksa budapesti műhelyében készültek.

1926-ban egy vihar jelentős károkat okozott, emiatt restaurálni kellett a zsinagógát. A II. világháború idején a mintegy 6000 főt számláló zsidóság többsége az auschwitzi haláltáborba került, ahonnan kevesen tértek vissza. A holokauszt után a zsinagóga elhagyatottan állt. Az 1980-as évek második felében városatyák áldásukat adták arra, hogy egy avantgárd színház költözzön az épületbe. 1989-ben az UNESCO szakbizottsága azt javasolta, hogy az építményt nyilvánítsák a világ kulturális hagyatékának részévé, majd 1990-ben Szerbia is a kiemelt jelentőségű műemlékek közé sorolta.

A rendkívül leromlott állapotú épület felújítását 2014-ben határozta el a magyar kormány. A felújítási munkálatok 2018 elejére fejeződtek be, és 2018. május 7-én a szabadkai zsidó hitközség ünnepélyes keretek közt újraavathatta a zsinagógát. Isak Asiel, Szerbia főrabbija vezetésével helyezték be a Tóratekercseket a Tórafülkébe, ezzel ismét imahellyé vált az épület.